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Tenho testado uma série de sistemas, a maioria desenvolvido no modelo ASP. Vou descrever abaixo minhas impressões de cada um dele e listar mais alguns links interessantes.

Soluções Open Source
Testei o osCommerce com uma série de add-ons, que fica realmente impressionante.
http://www.oscommerce.com

Solucoes no modelo ASP
FastCommerce
Não cheguei a testar a ferramenta, devido ao seu modelo de cobrança (cobra por page views), mas é bastante conhecida e elogiada.
http://www.fastcommerce.com.br

Omni
Também não testei, mas a maioria dos comentários que ouvi foram ruins, acusando a ferramenta de ter poucos recursos.
http://www.omnibrasilshop.com.br/

EntreLojas
Solução da Ecentry com algumas limitações relativas à personalização do design. A ferramenta no geral é bem simples e facil de administrar, não possuindo grandes recursos mas satisfazendo a maior parte das necessidades, com um ótimo custo benefício.
http://www.entrelojas.com.br

001Shop
Na minha opinião a opção mais robusta e com melhor custo benefício que testei até agora. A solução possui uma grande opção de formas de pagamento, customização e recursos, entre eles programa de afiliados, bem simplificado e sistema interno de atendimento on-line. A administração no início é um pouco confusa, mas habituando-se ao sistema, fica simples de efetuar qualquer operação no sistema, que dispoes de uma série de atalhos para todo tipo de consultas.
http://www.001shop.com.br/

Outras
WebClean
A empresa disponibiliza uma ferramenta bem simples em seu site, cujo grande defeito é o de não processar nenhum meio de pagamento online (apenas boleto), armazenando os numeros de cartão de crédito pra que o lojista efetue a cobrança manualmente na loja atravez do terminal
http://www.webclean.com.br/v6/loja.php

Conclusão
Aparentemente não existe nenhuma solução robusta com um valor acessível, embora não tenha testado soluções de outras empresas, inclusive algumas de grande porte. Caso alguem conheça outras ferramentas e queira enviar um link para que eu possa avalia-las, sintam-se a vontade.